El 1 de diciembre de 2020, Rafael Amargo fue detenido junto a su pareja, el productor de la obra de teatro en la que estaba trabajando y su asistente. Los cuatro detenidos estaban acusados de atentar contra la salud pública en la modalidad de tráfico de drogas y también de pertenecer a grupo criminal. El bailaor, su mujer y sus dos socios quedaron en libertad tras su declaración, pero bajo medidas cautelares. El juez ordenó la retirada del pasaporte de los cuatro arrestados, así como la prohibición de salir del territorio nacional y la obligación de acudir al juzgado cada 15 días. 

En marzo de 2023, el bailarín volvió a ser detenido. En esta ocasión fue acusado por un presunto delito de drogas y de atentar a un agente de la autoridad al resistirse en el arresto, ya que, al parecer, Amargo mordió a uno de los agentes en el momento de su detención. 

El juez le impuso la obligación de comparecer los días 1 y 15 de cada mes ante el juzgado, pero la Audiencia Provincial de Madrid ordenó su entrada en prisión por el quebrantamiento de las medidas cautelares y por riesgo de fuga.

El artista permaneció seis meses en los calabozos de la cárcel de Soto del Real. En noviembre de 2023, la Audiencia Provincial de Madrid decidió dejarle en libertad provisional sin medidas cautelares hasta que se dictase sentencia y el bailarín abandonó la prisión. Amargo, tras su salida de la cárcel, explicó que se sentía “emocionado” y que había sido “fuerte”. ''He sentido mucho cariño por parte de todos los internos”, dijo ante los medios de comunicación que se encontraban en el momento de su salida. 

Ahora que han pasado seis meses desde esas declaraciones, el granadino ha hablado de cómo fue su experiencia en la prisión. "O muy rápido o muy lento, no sabría cómo decirte. Porque los he pasado, los he pasado y tampoco es tan duro", ha asegurado en unas declaraciones a Europa Press. En el vídeo que encabeza la noticia puedes escuchar las declaraciones en las que Amargo también habla del motivo por el que no fue a firmar y, por lo tanto, quebrantó las medidas cautelares: “No fui a firmar, me preguntas, pero por muchos motivos. Pero creo que tres años y medio… Faltar cinco veces a firmar no es para que te priven de libertad”.

Luciana Bongianino y el bailaor compartían su vida en el plano laboral y esto provocó que también lo hicieran en el sentimental. Para Rafael, Luciana “tiene el cielo ganado” porque ha estado acompañándole en todo momento desde su detención. 

Rafael tiene dos hijos, León y Dante, fruto de la relación que mantuvo con la bailarina Yolanda Jiménez. Dos adolescentes de los que ha estado separado mientras ha permanecido en prisión y con los que se ha reencontrado: “El reencuentro ha sido como un comienzo, ¿no? Porque ahora tengo una relación como la de siempre, padre-hijo, pero ahora otro tipo de conocimiento”. Además, el bailarín se ha sincerado explicando cómo han vivido sus hijos todo este proceso: “Les quiero muchísimo, pero me da pena, por ejemplo, que uno de mis hijos, debido a este tema, pues estaba jugando en un equipo de fútbol y ha tenido que dejarlo porque no lo ha soportado”.